Το καλοκαίρι η ομάδα ξηλώθηκε και φτιάχτηκε μια καινούργια, το μπάτζετ ξεκίνησε να μειώνεται ώστε να εξοικονομηθούν χρήματα για την καλύτερη λειτουργία της ομάδας. Η κίνηση της σεζόν ήταν η πώληση του αρχηγού Γ. Καραγκούνη στην Φούλαμ, με την έγκριση και την πίεση του Φερείρα. Τεχνικός Διευθυντής ανέλαβε ο Κώστας Ελευθεράκης.
Οι αποχωρήσεις ήταν 12 και είχαν ως εξής, έφυγαν:
· Ρούντολφ: Λήξη δανεισμού επιστροφή στην Τζένοα
· Κλέιτον: Ελεύθερος στην Καεσιρσπόρ
· Γ. Καραγκούνης: Ελεύθερος Φούλαμ
· Σ. Νινης: Ελεύθερος στην Πάρμα
· Σιμάο: Ελεύθερος στην Κινά
· Πλεσίς: Ελεύθερος στην Άρλεσ
· Σωτ. Λεοντείου: Ελεύθερος στον Απόλλων Σμύρνης
· Χρ. Μελλίσης: Ελεύθερος στον Πανθρακικό
· Γ. Ιωαννίδης: Ελεύθερος στον Όφη
· Καντέ: Ελεύθερος στην Σωσό
· Μπίαρσμιρ: Ελεύθερος Γκέτεμποργκ
· Σαριεγκι: Σταμάτησε την Καριέρα του
Η ομάδα δεν εισέπραξε ούτε ευρώ, αλλά εξοικονόμησε χρήματα από τα λυμένα συμβόλαια.
Το καλοκαίρι εκείνο έγιναν 7 μεταγραφές ήρθαν:
· Κώστας Μπαρμπαρούσης: Δανεικός από την FC Spartak Vladikavkaz
· Ιμπαρημ Σισοκό: Δανεικός από την Βόλφσμπουργκ
· Πάππε Σο: Ελεύθερος από Académica de Coimbra
· Αντρέ Πιντο: Ελεύθερος από Πόρτο
· Χοσέ Βελάσκεζ: Ελεύθερος από Βιγαρεάλ Β’
· Μπρούνο Φορναρόλι: Ελεύθερος από την Σαμπντορια
· Κουίνσι Αμπέγιε: Αγορά από την Αλ Σάαντ
(Μεταγραφές Αγνώστων)
Αν και κανονικά οι μεταγραφές τελειώνουν το καλοκαίρι, εκείνο το φθινόπωρο ξεκίνησαν να φεύγουν και άλλοι παίκτες, κάποιοι χωρίς λόγο και αιτία. Αγωνιστικά η ομάδα αποκλείστικε από την Μάλαγα στο Champions League αλλά πέρασε στους ομίλους του Europa League αποκλείοντας την Μάδεργουελ (0-2/ 3-0) και κληρώθηκε στον Η’ όμιλο με αντίπαλους τις Λάτσιο, Τότεναμ και Μαριμπορ. Η χρονιά δεν είχε ως στόχο το πρωτάθλημα, αλλά μια αξιοπρεπή πορεία στην Ελλάδα, την οικονομική εξυγίανση και κάποια πορεία στην Ευρώπη. Το αποτέλεσμα ήταν τραγικό και έμεινε για πάντα στις μνήμες των οπαδών και των απλών φίλων του ΠΑΟ.
(Τραγική αρχή αλλά έχει και συνέχεια)
Στο πρωτάθλημα αν και ο Παναθηναϊκός ξεκίνησε με νίκη 1-0 ενάντια στον Λεβαδειακό, στην συνέχεια έκανε 4 ισοπαλίες και μια ήττα εναντία στον Πανθρακικό, με τον Λέτο να είναι τραυματίας από πέρυσι και με -2 από τιμωρία την προηγούμενη σεζόν. Τα πράγματα έγιναν ακόμα χειρότερα όταν ξεκίνησαν οι ευρωπαϊκές υποχρεώσεις. Στις 20/9.12 οι πράσινοι ταξίδεψαν στην Σλοβενία για να παίξουν με την Μάριμπορ και δήχθηκαν την συντριβή με 3-0. Παρότι «ανέκαμψαν» με δύο ισοπαλίες με Λάτσιο και Τότεναμ αντίστοιχα (1-1/ 1-1), το κλίμα ήταν βαρύ για τον προπονητή Ζ. Φερειρα. Τον Οκτώβριο απομακρύνθηκε, εντελώς ξαφνικά, ο αρχηγός Κώστας Κατσουράνης. Μετά και την ισοπαλία με 0-0 στην Κέρκυρα, ο πορτογάλος τεχνικός απολύθηκε και στις 14/11/12 ανέλαβε ο παλαίμαχος θρύλος Χουάν Ραμόν Ρότσα.
Η ομάδα έκανε τρεις νίκες και 3 ήττες μέχρι τα Χριστούγεννα όπου και τερμάτισε 6η με συγκομιδή μόλις 19 βαθμών μετά και την ντροπιαστική ήττα με 3-0 από την Βέροια. Στην Ευρώπη η ήττα με 3-0 από την Λάτσιο έβαλε ουσιαστικά τέλος στα όνειρα για πορεία, παρότι το τριφύλλι νίκησε την Μαριμπορ στο ΟΑΚΑ με 1-0. Τελικά έχασε με 3-1 από την Τότεναμ και τερμάτισε 3ος στον όμιλο με συγκομιδή μόλις 5 βαθμούς. Ο Ρότσα κατάφερε να φέρει μερική ηρεμία στα αποδυτήρια και να βελτιώσει την εικόνα των παικτών, ακόμα και αν δεν ήρθαν τα πολυπόθητα αποτελέσματα.
